Doktorsvörn í lífverkfræði - Hulda Sigrún Haraldsdóttir

Mánudaginn 3. febrúar ver Hulda Sigrún Haraldsdóttir doktorsritgerð sína í lífverkfræði við Háskóla Íslands. Ritgerðin ber heitið: Mat á ummyndaðri Gibbs hvarforku fyrir varmafræðilegar skorður á efnaskiptanet (e. Estimation of Transformed Reaction Gibbs Energy for Thermodynamically Constraining Metabolic Reaction Networks). 

 

Andmælendur eru: Professor David A Fell,Department of Biological & Medical Sciences, Oxford Brookes University, og Ross Carlson, Associate Professor, Department of Chemical and Biological Engineering, Center for Biofilm Engineering, Montana State University.

 

Í doktorsnefnd eru: Ronan M.T. Fleming, Senior research associate, Luxembourg Centre for Systems Biomedicine, University of Luxembourg, Sigurður Brynjólfsson, prófessor við Iðnaðarverkfræði- , vélaverkfræði- og tölvunarfræðideild Háskóla Íslands, Ines Thiele,Associate Professor,Luxembourg Centre for Systems Biomedicine,University of Luxembourg, og Jón Jóhannes Jónsson, prófessor við Læknadeild Háskóla Íslands. 

 

Skorðuð líkön má nota til að rannsaka eiginleika og virkni efnaskiptaneta, með því að spá fyrir um stöðug ástönd sem slík net geta náð innan gefinna eðlisefnafræðilegra skorða. Varmafræðilegum skorðum hefur aðeins verið beitt á efnaskiptalíkön að takmörkuðu leyti, meðal annars vegna skorts á gögnum um ummyndaða Gibbs orku efnaskiptahvarfa. Þessi ritgerð fjallar um þróun reiknifræðilegra aðferða til að meta ummyndaða Gibbs orku fyrir hvörf í líkönum af efnaskiptanetum. Aðferðir til að meta ummyndaða Gibbs hvarforku voru til þegar vinna við þessa ritgerð hófst. Þegar þessum aðferðum var beitt á líkan af efnaskiptaneti manna, sem kallast Recon 1, komu ýmsar takmarkanir þeirra í ljós. Bættar matsaðferðir voru þróaðar í kjölfarið til að yfirstíga sumar af þessum takmörkunum. Mati á ummyndaðri Gibbs hvarforku má skipta gróflega niður í tvö skref: 1) mat á staðlaðri Gibbs hvarforku, og 2) aðlögun að skilyrðum í lifandi verum. Til að takast á við fyrra skrefið var þróuð nýstárleg matsaðferð sem kallast þáttunaraðferðin. Fyrir seinna skrefið var forritið von Bertalanffy uppfært í takt við niðurstöður um hvaða þættir hefðu mest áhrif á nákvæmni mats á ummyndaðri Gibbs orku. Nýjasta útgáfa von Bertalanffy er fyllilega samþætt útgáfu af þáttunaraðferðinni. Tímafrekasti þátturinn í að beita matsaðferðunum sem hér voru þróaðar er að safna nauðsynlegum gögnum, svo sem gögnum um byggingu sameinda. Stungið er upp á aðferðum til að sjálfvirknivæða söfnun gagna um sameindabyggingu að einhverju leyti. 

 

Hulda lauk BS-námi í lífefnafræði árið 2005 og MS-námi í líffræði árið 2007, bæði við Háskóla Íslands. Hún hóf doktorsnám við Kerfislíffræðisetur Háskóla Ísland árið 2010. Þess á milli stundaði hún framhaldsnám í lífverkfræði við University of Illinois í Chicago í tvö ár og kenndi stærðfræði og efnafræði við Menntaskólann Hraðbraut í eitt ár. Hún stundar nú rannsóknir við Centre for Systems Biomedicine við University of Luxembourg. Eiginmaður hennar er Valur Einarsson.