Tom Willy Schiller flytur fyrirlestur um verkefni sitt til meistaraprófs í tölvunarfræði. Heiti verkefnins er Smíði og samskeyting neta fyrir erfðamengi mannsins (Reference Graph Construction and Merging for Human Genomic Sequences).
Ágrip
Markmið þessarar ritgerðar er að varpa ljósi á þær áskoranir í tölvunarfræði sem verða til við raðgreiningu á DNA manna. Venjulega er DNA röðum samraðað með hjálp strengatilvísana. Í þessari ritgerð verða hinsvegar tækifæri og vandamál með notkun netatilvísana skoðuð. Stungið hefur verið upp á nokkrum leiðir til að nota netatilvísanir en slíkar aðferðir hafa enn ekki komist í almenna notkun. Við berum því saman núverandi nálganir og þróum ný reiknirit til að vinna með erfðamengisnet. Markmiðið er að hjálpa við að útbreiða notkun á netatilvísunum og höfum við þróað reiknrit sem að sameina og samtvinna flatar XBW töflur sem hafa að geyma erfðamengisnet. Við höfum útfært þessi reiknirit í forritunarsafninu Graph Merging Library (GML) og er hægt í því að sýna á myndrænan hátt hvernig þau virka og auka skilning okkar á þeim. Auk þess að nota þau til samröðunar á raðgreiningargögnum með hjálp netatilvísana geta erfðamengisnet nýst annara hluta. Reiknritin eru næginlega almenn til að nýtast í þeim tilfellum. Í heildina er þessi ritgerð skref í átt að koma í notkun flóknari og öflugri netum í stað þess að nota línulega strengi á sviði DNA raðgreininga.
Leiðbeinandi: Páll Melsted, dósent við Iðnaðarverkfræði-, vélaverkfræði- og tölvunarfræðideild Háskóla Íslands. Prófdómari Birte Kehr, vísindamaður hjá Íslenskri erfðagreiningu.